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01-092025Journal of Cheminformatics | 基于对比学习的酶促反应分类AI模型EC分类编号(EC number)是一套对酶催化功能进行系统分类的体系。EC分类编号不仅可以用来描述酶的功能，也可以对相应的酶促反应进行分类。虽然有经验的化学家可以手动分析一个酶促反应并对其EC分类编号的归类 -
01-022025Current Opinion in Biotechnology | 肠道微生物群落建模：探索肠道菌群的潜力不同数据库与GEM资源之间的标准化，目前不同GEM和数据库之间的代谢物、反应等关键信息存在多种不同的格式和命名规则。单一模型的性能是群落建模的基础，基于先验知识对GEM进行多约束（比如酶动力学参数，蛋白限制等）的整合至关重要。 -
01-022025Nature Communications | 马晴团队揭示性染色体剂量补偿RNA的新角色：常染色体基因表达调控揭示了果蝇长非编码RNA roX在常染色体上的非经典表观抑制功能。这项研究不仅打破了传统认知，还加深了我们对RNA在基因表达调控中复杂作用的理解，同时为合成生物学中非编码RNA工具的开发提供了重要线索。 -
12-272024SSB | 卞光凯/刘天罡合作实现抗真菌芬净类药物前体纽莫康定B0高效生物合成该研究基于多组学分析，通过组合代谢工程对丝状真菌G. lozoyensis进行优化，在摇瓶发酵水平实现了2.63 g/L的PB0生物合成，相比出发菌株提高了108.7%。 -
12-162024Bioresource Technology | 合成生物学与环境工程相结合开创藻类处理畜牧业废水新纪元研究发现，一种小球藻（Chlorella vulgaris）通过定向进化可以适应在含有高氨氮和低碳氮比的畜牧业厌氧消化废水中生长 -
12-142024The Innovation | H5N1疫苗设计：“亦步亦趋”不如“料敌机先”团队之前提出“抗原场理论”并在新冠病毒中完成了验证，本工作旨在将“抗原场理论”拓展应用在流感病毒中，希望通过理论计算和建模以实现广谱疫苗的设计。 -
12-042024PNAS | 宿主跑得够快就能“淘汰”病毒？傅雄飞团队通过定量合成生物学研究揭示生物“迁徙淘汰”病毒新机制普遍观点认为，宿主的运动会加速病毒的传播。但也有生态学研究表明，宿主的运动对病毒传播起到抑制作用，北美帝王蝶就是一个典型例证。观察显示，那些进行长距离迁徙的帝王蝶相较于不迁徙的同类，感染寄生虫病的风险显著降低。基于这一现象，生态学家提出了“迁徙淘汰”假说，认为... -
12-022024Genome Biology | 资治科/李立：人机交互框架提升染色质拓扑相关结构域识别能力，助力三维基因组研究研究人员开发了一种基于“人机交互”框架的TAD识别方法，通过结合主动学习和人工的判断力，显著提升了机器学习模型的性能。