人类肠道微生物组蕴藏着上千万个基因，这些基因所编码的蛋白质在人体的代谢、免疫等过程中发挥重要作用，也是开发疾病治疗新技术的重要资源库。然而，微生物蛋白质的进化多样性，给基于序列同源的功能推断方法带来了挑战。例如，在肠道噬菌体基因组中，有超过75%的蛋白无法注释功能。此外，肠道细菌中广泛存在宿主同工酶，但是这些酶与其真核同源蛋白的序列同源性很低，往往难以被识别。与序列相比，蛋白质的三维结构在进化中往往更为保守，这为解析肠道微生物的功能暗物质提供了新的研究思路——通过结构信息来推测蛋白质功能。肠道微生物的功能研究亟需从“序列检索”走向“结构检索”的新范式。   2025年11月26日，中国科学院深圳先进技术研究院定量合成生物学全国重点实验室、合成生物学研究所（以下简称“深圳先进院合成所”）戴磊研究员课题组联合北京大学汪锴研究员、香港中文大学李煜教授的合作团队在Cell Host & Microbe发表了题为“Exploring Functional Insights into the Human Gut Microbiome via the Structural Proteome”的研...

  转移是导致90%以上癌症病人治疗失败和死亡的原因。其中非小细胞肺癌（NSCLC）患者中约1/3会发生脑转移。与其他转移部位不同，脑转移需跨越血脑屏障，既影响肿瘤细胞的适应性，也限制治疗方案的选择。既往关于转移的基因组学研究，主要基于非配对原发和转移的肿瘤突变图谱比较。然而，这种研究策略难以鉴定原发灶中驱动转移的突变基因，同时难以解析转移的演化规律和适应性。因此，系统分析和比较同一病人的原发灶和多器官转移灶的基因组学，阐明转移器官趋向性的基因组学特征与演化规律，具有重要意义。   近日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所胡政、广东省人民医院/广东省肺癌研究所钟文昭和中山大学肿瘤防治中心牟永告团队在Cell Reports在线发表题为“Deciphering genomic evolution of metastatic organotropism with 535 paired primary lung cancers and metastases”的研究论文。报道了对223例非小细胞肺癌基因组测序数据（共885个原发/转移配对肿瘤样品）的分析结果，揭示了不同转移部位的克隆...

  北京时间2025年10月6日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所高翔课题组与电子科技大学夏川课题组合作，在国际高水平学术期刊Nature Catalysis上发表了题为《Efficient and scalable upcycling of oceanic carbon sources into bioplastic monomers》的研究成果。团队率先提出并验证人工海洋碳循环系统：面向天然海水场景高效捕集CO2，电催化制备可进入生物制造的平台中间体，再经工程化微生物升级转化为高价值分子与材料。研究以可降解材料单体为示范，凸显“捕碳造物”的平台能力与可扩展性，为我国“蓝色经济”、双碳目标与绿色低碳技术创新提供新路径。 文章上线截图 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41929-025-01416-4   海洋作为地球最大的碳汇，每年吸收逾四分之一人为排放的二氧化碳，是维系全球气候稳定和碳循环的重要天然缓冲器。然而，随着大气中二氧化碳浓度的持续上升，不仅加剧了气候变化，并且海洋因大量吸收二氧化碳而出现酸化现象，威胁海洋生态安全。如...