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深圳先进院

中国科学院

02-06

2024

Advanced Science | 自动化+机器学习，罗小舟课题组攻克代谢途径改造不确定性的技术壁垒

研究团队利用自动化大设施平台技术，确定可控的进化轨迹，实现了代谢通路多个关键性基因的自动化同步进化。该研究还搭载了ProEnsemble机器学习框架，进一步缓解了进化途径各基因间的上位效应影响，进而创造了一个高效的通用型底盘来合成黄酮化合物。
02-05

2024

Metabolic Engineering | 傅雄飞课题组开发基于蛋白质分配约束的动态流平衡分析新方法-dCAFBA

研究团队开发了一种名为受蛋白质分配约束的动态流平衡分析新方法（dCAFBA）。该方法利用代谢流平衡方法描绘代谢状态的改变，借助粗粒化模型模拟蛋白质资源分配的变化，并将酶对代谢反应速率的约束与中心底物代谢速率对蛋白质分配的调节相结合，建立了一个全面的模型，用于预...
02-02

2024

Nature Communications | 中国科学院深圳先进技术研究院王腾团队揭示基因流动帮助竞争性微生物群体突破物种多样性“极限”

该工作从理论上揭示了微生物群落中广泛存在的水平基因流动可以帮助竞争性微生物群体突破物种多样性“极限”，促进群落的物种多样性在环境扰动下的稳定维持。
01-29

2024

Nature Communications | 构建全基因组SCRaMbLE重排酵母，加速菌株快速进化

通过CRISPR系统在酵母全基因组范围内引入数十个loxPsym位点，构建了可进行全染色体重排的酵母系统，为研究基因组结构变异对菌株环境适应性及在进化上的影响奠定了基础。
01-19

2024

Nature Protocols |下一代代谢模型构建与使用指南

该文章发布了酶约束模型构建和使用的最新版工具箱GECKO 3.0，优化了旧版并加入了酶参数预测和选择模块，使得构建任意物种的酶约束模型成为了可能。另外，该文章作为GECKO 3.0的使用指南，详细描述了酶约束模型构建、模拟和分析的全部流程，能够大幅降低酶约束模...
01-16

2024

Medicinal Research Reviews l 间充质干细胞及其外泌体研究向GMP级先进治疗产品转化

文章回顾了骨髓和脐带等组织的间充质干细胞及其外泌体在临床前和临床研究中的广泛应用，讨论了将间充质干细胞及其外泌体从研究平台转化为符合药品生产质量管理规范（GMP）的先进治疗产品时遇到的障碍，提出了包括使用自动封闭系统以便实时监控质量控制等促进间充质干细胞及其外...
01-12

2024

Science Advances | 中国科学院深圳先进院合成所赵乔团队揭示芳香族氨基酸合成与代谢新机制

该工作揭示了拟南芥中的氨基转移酶VAS1参与芳香族氨基酸的合成与代谢，从而维持植物氨基酸稳态。
01-11

2024

中国科学·生命科学 | 单病毒示踪综述

综述了单病毒示踪的最新研究进展，并对单病毒示踪技术面临的挑战、新趋势和方向做了展望。

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