张成辛博士,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所PI,微生物组中心PI,国家优秀青年基金获得者。于2020年获得美国密歇根大学生物信息学博士学位,随后于耶鲁大学完成博士后研究,2023年至2025年出任密歇根大学助理研究教授,2025年3月入职中国科学院深圳先进技术研究院。长期从事基于蛋白质与RNA的结构与功能预测算法开发,已发表论文60余篇,引用次数5500次,第一作者与通讯作者文章被Nature Methods、Nature Protocols、Briefings in Bioinformatics、Nucleic Acids Research、Bioinformatics等国际高水平杂志录用。

  学习经历:

1. 2015年8月至2020年12月,密歇根大学,博士
2. 2011年9月至2015年6月,复旦大学,学士

  工作经历:

1. 2025年3月至今,中国科学院深圳先进技术研究院,研究员
2. 2023年3月至2025年2月,密歇根大学,助理研究教授
3. 2021年3月至2023年2月,耶鲁大学,博士后

  蛋白质与RNA结构与功能预测算法的开发

1. Zhang C, Freddolino L, Zhang Y (2025) A graphic and command line protocol for quick and accurate comparisons of protein and nucleic acid structures with US-align. Nature Protocols, in press.
2. Zhang C, Zhang X, Freddolino PL, Zhang Y (2024) BioLiP2: an updated structure database for biologically relevant ligand-protein interactions. Nucleic Acids Research, 52 (D1), D404-D412.
3. Zhang C, Freddolino L (2024) A large-scale assessment of sequence database search tools for homology-based protein function prediction. Briefings in Bioinformatics 25 (4), bbae349
4. Zhang C, Freddolino L (2024) FURNA: A database for functional annotations of RNA structures. Plos Biology 22 (7), e3002476.
5. Perry ZR, Pyle AM, Zhang C (2023) Arena: Rapid and accurate reconstruction of full atomic RNA structures from coarse-grained models. Journal of Molecular Biology 435 (18), 168210.
6. Zhang C, Zhang Y, Pyle AM (2023) rMSA: a sequence search and alignment algorithm to improve RNA structure modeling. Journal of Molecular Biology 435 (14), 167904
7. Zhang C, Shine M, Pyle AM, Zhang Y (2022) US-align: universal structure alignments of proteins, nucleic acids, and macromolecular complexes. Nature Methods 19 (9), 1109-1115
8. Zhang C, Zheng W, Mortuza SM, Li Y, Zhang Y (2020) DeepMSA: constructing deep multiple sequence alignment to improve contact prediction and fold-recognition for distant-homology proteins. Bioinformatics, 36(7), 2105-2112.
9. Zhang C, Zheng W, Huang X, Bell EW, Zhou X, Zhang Y (2020) Protein structure and sequence reanalysis of 2019-nCoV genome refutes snakes as its intermediate host and the unique similarity between its spike protein insertions and HIV-1. Journal of Proteome Research, 19(4), 1351-1360.
10. Zhang C, Freddolino PL, Zhang Y (2017) COFACTOR: improved protein function prediction by combining structure, sequence and protein-protein interaction information. Nucleic Acids Research, 45(W1), W291-W299.

  学术成果：主持开发多款广泛应用于蛋白质与RNA结构预测、功能注释与结构比对的算法与数据库，包括DeepMSA、US-align、COFACTOR、BioLiP、rMSA等。

  重大科技项目承担情况：广东省珠江人才计划引进创新创业团队核心成员;深圳市高层次人才创新创业计划—孔雀团队核心成员