傅雄飞
傅雄飞深圳先进院合成所所长/定量合成生物学全国重点实验室副主任/深圳合成院副院长
个人简介

  傅雄飞,研究员,博士生导师,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所所长,定量合成生物学全国重点实验室副主任,深圳合成生物创新研究院副院长,中国生物工程学会合成生物学分会副主任委员,深圳合成生物学协会法人会长,深圳市第七届党代表。长期从事定量合成生物学研究,围绕“生物系统时空有序性的跨层次涌现原理”这一基本科学问题,会聚统计物理、复杂系统、定量生物学与合成生物学等多个交叉学科领域知识,通过数理理论结合定量实验的研究方法,研究空间扩张人工生物系统相关的基因回路设计、动力学模拟及稳定性分析等问题。主持国家重点研发计划项目、国自然青年科学基金项目(A类)等,代表性成果发表在Science, Nat. Chem. Bio., PNAS,PRL, eLife, Mol. Sys. Bio.等国际专业期刊。

  学习经历:

  2008.08-2012.12,香港大学,物理系,博士

  2004.09-2008.06,浙江大学,物理学,学士

  工作经历:

  2016.07-至今,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所,历任研究员、所长助理、副所长、所长;

  2023.06-至今,定量合成生物学全国重点实验室副主任;

  2013.03-2016.06,耶鲁大学,博士后。

研究领域

  合成生物学、定量生物学、统计物理

代表论著

  1. Pan Chu; Jingwen Zhu; Zhixing Ma; Xiongfei Fu; Colony pattern multistability emerges from a bistable switch, Proceedings of the National Academy of Sciences. 2025, 122(14): e2424112122 (通讯作者)

  2. Jingwen Zhu; Pan Chu; Xiongfei Fu; Unbalanced response to growth variations reshapes the cell fate decision landscape, Nature Chemical Biology, 2023, 19(0): 1097-1104 (通讯作者)

  3. Yi Zhang; Qingjuan Hu; Yingtong Su; Pan Chu; Ting Wei; Xuefei Li; Chenli Liu; Xiongfei Fu; Navigated range expansion promotes migratory culling, Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, 121(50): 1-8 (通讯作者)

  4. Ting Wei; Wangsheng Lai; Qian Chen; Yi Zhang; Chenjian Sun; Xionglei He; Guoping Zhao; Xiongfei Fu; Chenli Liu; Exploiting spatial dimensions to enable parallelized continuous directed evolution, Molecular Systems Biology, 2022, 18(9): 1-14 (共同通讯作者)

  5. Yang Bai; Caiyun He; Xuefei Li; Junjiajia Long; Xiongfei Fu; Spatial modulation of individual behaviors enables an ordered structure of diverse phenotypes during bacterial group migration, eLife, 2021, 10(e67316): 1-21 (通讯作者)

科研\学术成果

  学术成就:

  担任《合成生物学》副主编委、《Quantitative Biology》编委、“亚洲合成生物学协会”委员、“国际合成生物设施联盟”联合发起人、“国际复杂自适应物质学会-中国(ICAM-China)”单位联络人等。

  国际/国内或研究领域奖项:

  2024,广东省自然科学一等奖

  2024,民进中央2024年度参政议政成果一等奖

  2019,中国科学院广州分院优秀青年科技工作者

  学术成果:

  秉持“合成-理论-再合成”研究范式,通过“造物致知”解析定量规律,再迭代指导“理性设计与合成”,聚焦影响空间扩张的两个关键因素(生长和运动)在扩张前沿条件下的定量规律,重点突破空间扩张体系下生物斑图形成原理,取得了系列成果:近 5年累计发表 Nat. Chem. Biol.、PNAS、eLife、Mol. Sys. Biol.、ISME Journal、Nat. Microbiol.等论文 20 余篇,通讯作者 14 篇。

  (1)基于生长调控的斑图设计:基于合成生物开山之作“拨动开关”合成基因回路,系统研究了该基因回路在不同生长环境条件下的双稳态特征,发现了生长速率变化对基因表达带来不平衡的影响,进而重塑细胞命运决定景观,打破了“回路-功能”的简单映射关系,提出了“环境-回路”耦合的设计逻辑(Nature Chemical Biology 2023);基于此理论框架,以个体生长速率为全局调控参数,在空间扩张过程中成功构建了多样化的合成生物斑图(PNAS 2025),进一步验证了“环境-回路”耦合关系。

  (2)基于运动筛选的斑图设计:通过合成重构个体运动能力表型,突破传统均质群体假设,揭示了趋化集群迁移过程中差异化个体自发形成“空间排序”的有序斑图结构(eLife 2021);提出了由“空间排序”导致的宿主-噬菌体共迁移的“迁移剔除”相变原理(PNAS 2024);基于该原理发现,设计开发空间噬菌体辅助连续进化系统,通过可视化的斑图结构实现高通量、低成本进化筛选,为合成生物学提供新型定向进化工具(Molecular Systems Biology 2022)。

  科研项目:

  1. 基于合成基因回路与底盘细胞适配规则的合成系统理性设计工具, 国家重点研发计划,主持(在研)。

  2. 生物斑图的定量合成生物学研究,国自然青年科学基金项目(A类),主持(在研)。

  3. 高版本模式微生物底盘细胞,国家重点研发计划,主持(已结题)。

  4. 菌群趋化迁移的有序空间结构机制研究,国自然面上,主持(已结题)。

  5. 关于细菌生长速率与趋化运动能力间权衡机制的研究,国自然面上,主持(已结题)。

  6. 关于细菌逃避中性粒细胞追逐的最优策略研究,国自然青年,主持(已结题)。

  代表专利:

  1. 微生物培养及运动自动追踪系统, 2020-9-15, 中国, ZL201922120486.3授权

  2. 微生物复合菌剂、复合菌剂培养基、制备方法和使用方法及应用,2020-11-24, 中国, ZL201711438922.0,授权

  3. 细菌追踪系统及方法,2021-03-23,中国, ZL201711243129.5,授权

  4. 种机器人控制系统及方法, 2022-9-16, 中国, ZL2021 1 0431428.1授权

  5. 一种合成基因回路模型及构建方法,2024-2-9,中国, ZL 2020 11483822,授权

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