马迎飞，研究员，博士生导师，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所合成微生物组学研究中心副主任。目前实验室主要聚焦噬菌体开展噬菌体的基础和应用研究，包括：利用高通量测序技术，开发生物信息学工具从环境和人体宏基因组数据中鉴定噬菌体序列，研究噬菌体的多样性及其在环境和人体中的功能；利用噬菌体专一杀灭细菌的特性，通过合成生物学方法设计合成人工噬菌体，应用于耐药菌感染的治疗；在国内较早的开展了在水产养殖和临床上应用噬菌体防治超级耐药菌的研究。截止目前，在国际权威刊物Cell Host Microbe（2023）、Nucleic Acids Res（2022，2023）、Nat Commun（2022）、Microbiome（2018）等以通讯作者发表论文20余篇。作为项目负责人承担国自然面上，科技部重点研发课题，深圳市团队，深圳市学科布局等各级项目。担任生物工程学会合成生物学分会委员、噬菌体技术专业委员会委员、生物物理学会肠道菌群分会委员等。

  学习经历：

  2005-09 至 2009-04， 中国科学院微生物研究所， 微生物， 博士

  2001-09 至 2004-07， 山东农业大学， 林学院， 硕士

  1997-09 至 2001-07， 山东农业大学， 林学院， 学士

  工作经历：

  2015-9 至 今， 中国科学院深圳先进技术研究院， 副研究员、研究员

  2011-05 至 2015-09， 纽约大学， 医学院， 研究科学家

  2009-06至2011-04， 加州大学圣迭戈分校，博士后

  微生物组、噬菌体组、噬菌体合成生物学以及应用噬菌体防治耐药菌的应用研究。

1. Shengjian Yuan*, Heng Zhu*, Menghao Yu*, Huizhen Jia, Shiwen Peng, Yingfei Ma.  Discovery of human gut phage-encoded anti-CRISPR proteins unveils diverse mechanisms for phages to evade type II CRISPR immunity. Cell Host & Microbe (2026)

2. Menghao Yu, Yunmeng Chu, Yongming Wang, Luofei Mo, Xin Tan, Shun Guo, Shengjian Yuan, Yingfei Ma. Metagenomic analysis reveals gut phage diversity across three mammalian models. Microbiome (2025)

3. Ziqiang Liu*, Xin Tan*, #, Min Xiong, Shitong Lu, Yongqing Yang, Heng Zhu, Jieqiong Zhang, Xiangying Luo, Caiyun Zhou, Shujiang Wei, Ning Zhou, Xueyan Liu, Changqing Bai, Yongjun Pan#,  Yingfei Ma#.  Efficacy of precisely tailored phage cocktails targeting carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii reveals evolutionary trade-offs: a proof-of-concept study. EBioMedicine (2025)

4. Yan Huang, Teng Wang, Yingfei Ma. Gut microbiome: Temperate and latent phages are dominant in the human gut. Curr Biol (2025)

5. Ling Chen*, Zhipeng Huang*, Mathias Middelboe, Deng Deng, Yingfei Ma.  Synergistic effects of commensals and phage predation in suppressing colonization by pathogenic Vibrio parahaemolyticus. Npj Biofilms Microbi (2025)

6. Xin Tan*, Kai Chen*, Zhihuan Jiang, Ziqiang Liu, Siyun Wang, Yong Ying, Jieqiong Zhang, Shengjian Yuan, Zhipeng Huang, Ruyue Gao, Min Zhao, Aoting Weng, Yongqing Yang, Huilong Luo, Daizhou Zhang, Yingfei Ma. Evaluation of the impact of repeated intravenous phage doses on mammalian host-phage interactions. J Virol (2024)

7. Juntao Shen, Jieqiong Zhang, Luofei Mo, Yanchen Li, Yake Li, Cun Li, Xiaoxian Kuang, Zining Tao, Zepeng Qu, Lu Wu, Junyu Chen, Shiying Liu, Linfang Zeng, Zexi He, Zuohong Chen, Yu Deng, Tong Zhang, Bing Li, Lei Dai#, Yingfei Ma#. Large-scale phage cultivation for commensal human gut bacteria. Cell Host & Microbe (2023).

8. Lili Yang,  Guoqin Mai, Zheng Hu, Haokui Zhou, Lei Dai, Ziqing Deng, Yingfei Ma. Global transmission of broad-host-range plasmids derived from the human gut microbiome. Nucleic Acids Research (2023).

9. Ran Li*, Yongming Wang*, Han Hu, Yan Tan, Yingfei Ma. Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of archaeal virome in the human gut. Nat Commun (2022).

10. Shengjian Yuan, Juan Shi, Jianrong Jiang, Yingfei Ma. Genome-scale top-down strategy to generate viable genome-reduced phages. Nucleic Acids Research (2022).

  学术成果：

  深圳市科技进步二等奖，深圳市，2021，排名第4.

  重大科技项目承担情况：

  1. 国家重点研发计划“合成生物学”专项，治疗型噬菌体的人工设计与构建，2024.12-2029.12，2000万元，项目负责人

  2. 深医专项，工程噬菌体防治难治性耐药铜绿假单胞菌感染的研究，2024.1-2026.12，300万元，课题负责人

  3. 国家重点研发计划“合成生物学”专项，水华蓝藻合成微生物控制系统构建与应用，2019.7-2024.6，1045万元，课题负责人

  4. 深圳市科创委海外高层次人才团队，人工改造噬菌体治疗超级耐药菌的研究，2018-2022，2000万元，核心人员