合成微生物组学将研究的对象由单一微生物扩展到多种不同微生物构成的复杂系统，利用合成生物学的工具，构建具有可控功能和稳定性的微生物菌群，通过对微生物组的设计与精准调控来解决人体健康、农业生产、环境保护等重要问题。合成微生物组学研究中心将形成完善的创新生态，引领在合成生物学与微生物组学的交叉领域进行原创性研究，并且推动人工合成菌群在临床、工农业生产等领域的应用。