深度学习方法已经被越来越多地应用于查找蛋白质数据存在的模式，这些模式的分析有助于预测酶的结构，改善酶的稳定性、溶解度和改造酶的功能，预测底物的特异性并指导酶的改造。 计算机设计（In silico design, ISD）方法可用于发现新的生物催化剂和改善功能已知的酶的理化性质。深度学习方法已经被越来越多地应用于查找蛋白质数据存在的模式，这些模式的分析可应用于指导合理设计以改善酶的稳定性，溶解度和其他特性。