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高效环保水产养殖联合实验室是由中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所和澳华农牧集团共同组建，开展应用噬菌体制剂在水产养殖领域替代抗生素防治养殖动物细菌感染疾病的研究和科研成果的转化。随着国家对养殖业中抗生素使用限制的日益严格，寻找抗生素替代物的需求也愈发扩大，替抗产品将会有一块广阔的市场，噬菌体则是其中一个有潜力的抗生素替代物，而把这些噬菌体应用到市场是我们目前联合实验室的工作重点。为了这一工作开展地更为顺利，我们也希望能吸收有畜牧水产养殖经验的力量，针对畜牧和水产养殖开发出精确、有效的噬菌体产品。合成生物学研究所（以下简称“合成所”）是中国科学院深圳先进技术研究院核心研究单元之一。近年来，合成所协调推动了国家重点研发计划“合成生物学”重点专项在科技部与深圳市的联动布局，是“深圳合成生物学创新研究院”与“合成生物研究重大科技基础设施”两大项目的牵头单位。所内已有中国科学院定量工程生物学重点实验室、广东省合成基因组学重点实验室、深圳市合成基因组学重点实验室等科研平台。合成所骨干均来自于哈佛大学、耶鲁大学、麻省理工学院、约翰霍普金斯大学、杜克大学、纽约大学等著名学府，背景横跨生物、物理、化学、信息等学科，团队成员在生物功能分子合成进化、基因线路设计原理、酵母染色体合成、天然产物的生物合成、微生物组改造等前沿项目上达到了与国际先进水平并跑的层次，成果发表于Science、PNAS、Microbiome、ACS Synth Biol、Nucl Acids Res等刊物上。澳华农牧集团成立于1998年，是一家专注于高端饲料研发、生产与销售的国际型高科技集团企业。我们不仅提供符合动物生长规律的营养套餐，同时，我们还提供养殖环境净化和养殖模式咨询等一体化解决方案。岗位：博士后/助理研究员岗位要求： 1已经或即将获得博士学位； 2畜牧或水产养殖相关专业； 3 可独立开展科研工作，在所属领域取得优秀研究成果，以第一作者发表过或即将发表SCI论文； 4 积极上进的科研热情，认真负责的工作态度，良好的学术道德与团队合作精神； 5 同时欢迎对学科交叉创新有浓厚兴趣，开拓合成生物学的新方向与新应用。岗位职责：开展噬菌体应用基础研究和应用转化研究。平台： 1 先进院提供国立科研机构的研究平台，海外归国留学人员为主的研究团队，自由开放的研究氛围，以及稳定的经费支持。 2 协助申请研究基金、人才项目。 3 博士后出站后，可以根据自己兴趣和实验室需要选择留在合成生物学研究所工作或者澳华集团工作。 4一个开放、宽松、朝气蓬勃的新实验室环境，充足的科研经费。 5 非常有竞争力的工资待遇：含深圳市政府博士后专项免税补贴和学校配备的工资及福利，高级以上职称还享有购房无息贷款。 6 优美而无后顾之忧的科研环境：配有幼儿园、小学、图书馆、餐厅、医院、健身房、游泳池、骑车绿道等等，科研堡垒、溜娃圣地。 7 科研业绩优秀、符合申请条件的博士后可以申请深圳市高层次人才或其他类别的人才优惠政策，获批后将获得深圳市的各类配套支持（博士后出站留深工作三年后可成功申请深圳市后备级领军人才，享受约160万资助）。 8按员工待遇缴纳五险一金，按月发放用餐补助。在站工作期间计入我院工龄，可以参加院职称评定，并享受员工同等的其他福利待遇，出站优先留院工作。 9 有一年以上留学经历者，如满足深圳市海外高层次人才标准要求，可申请孔雀人才补助（A类300万；B 类 200万；C类160万元）。申请方式：有意申请者请将申请材料（个人简历、代表性论文）发送至yingfeima@siataccn（邮件中请简要介绍研究经历，对于未来研究方向的设想等）。单位地址：深圳市南山区西丽深圳大学城学苑大道1068号(518055)。

合成研究科研工作 深圳市

系统管理员 2025-04-24 17:14:04

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中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所合成微生物组中心招聘助理研究员、研究助理、研究实习微生物组实验室是中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所独立实验室之一。实验室PI马迎飞研究员，2009年获中国科学院微生物研究所博士学位，先后在加州大学圣迭戈分校、纽约大学医学院作为研究科学家参与人体微生物计划相关项目的研究。2015年加入中国科学院深圳先进技术研究院。目前实验室主要围绕噬菌体开展噬菌体组学以及噬菌体的合成生物学研究，致力于应用噬菌体防治超级耐药菌在畜牧水产养殖以及临床上的转化研究。实验室依托深圳市合成生物学创新研究院，获得深圳市持续资助，并先后获得国家自然科学基金委和科技部重大专项资助，科研经费十分充裕。实验室成立近4年以来，先后在Microbiome，FrontierinMicrobiology，Emerging Microbes & Infections等国际权威刊物上发表论文十余篇。实验室主页：http://isynbiosiataccn/malab/ 合成生物学研究所（以下简称“合成所”）是中国科学院深圳先进技术研究院核心研究单元之一。近年来，合成所协调推动了国家重点研发计划“合成生物学”重点专项在科技部与深圳市的联动布局，是“深圳合成生物学创新研究院”与“合成生物研究重大科技基础设施”两大项目的牵头单位。所内已有中国科学院定量工程生物学重点实验室、广东省合成基因组学重点实验室、深圳市合成基因组学重点实验室等科研平台。合成所骨干均来自于哈佛大学、耶鲁大学、麻省理工学院、约翰霍普金斯大学、杜克大学、纽约大学等著名学府，背景横跨生物、物理、化学、信息等学科，团队成员在生物功能分子合成进化、基因线路设计原理、酵母染色体合成、天然产物的生物合成、微生物组改造等前沿项目上达到了与国际先进水平并跑的层次，成果发表于Science、PNAS、Microbiome、ACS Synth Biol、Nucl Acids Res等刊物上。微生物组实验室的研究方向概括如下： 1人体微生物组、噬菌体组，噬菌体的多样性和功能 2 机器学习、深度学习在微生物组大数据中的应用 3 噬菌体的合成生物学研究、基因组编辑 4 噬菌体预防、治疗耐药菌感染在动物和临床对的应用 5 实验室近期将和合成所杰出青年获得者戴俊彪研究员合作开展噬菌体基因组写计划（GenomeProject-Write）。欢迎有基因组编辑经验的研究人员加入。招聘说明招聘要求： 1在合成生物学、微生物学和微生物组学、噬菌体学和和噬菌体组学、生物信息学、机器学习、深度学习、基因组设计、编辑、合成等学科和领域具有博士后经验（Co-PI：助研、副研），或将获得博士学位。 2可独立开展科研工作，以第一作者发表过或即将发表SCI论文，英语读写流利 3积极上进的科研热情，认真负责的工作态度，良好的学术道德与团队合作精神。 4同时欢迎对学科交叉创新有浓厚兴趣，开拓合成生物学的新方向与新应用。平台： 1 先进院提供国立科研机构的研究平台，海外归国留学人员为主的研究团队，自由开放的研究氛围，以及稳定的经费支持。 2 按照项目需求匹配团队（研究助理、自动工程师等）；协助申请研究基金、人才项目。 3 协助联系海外学术交流机会。 4一个开放、宽松、朝气蓬勃的新实验室环境，充足的科研经费。 5 非常有竞争力的工资待遇：含深圳市政府博士后专项免税补贴和学校配备的工资及福利，高级以上职称还享有购房无息贷款。 6 优美而无后顾之忧的科研环境：配有幼儿园、小学、图书馆、餐厅、医院、健身房、游泳池、骑车绿道等等，科研堡垒、溜娃圣地。 7 科研业绩优秀、符合申请条件的博士后可以申请深圳市高层次人才或其他类别的人才优惠政策，获批后将获得深圳市的各类配套支持（博士后出站留深工作三年后可成功申请深圳市后备级领军人才，享受约160万资助）。 8按员工待遇缴纳五险一金，按月发放用餐补助。在站工作期间计入我院工龄，可以参加院职称评定，并享受员工同等的其他福利待遇，出站优先留院工作。 9有一年以上留学经历者，如满足深圳市海外高层次人才标准要求，可申请孔雀人才补助（A类300万；B类200万；C类160万元）。深圳市海外高层次人才（孔雀人才）申请标准参考：http://wwwszhrssgovcn/tzgg/201408/t20140805_2541538htm 深圳市海外高层次人才补贴标准参考： http://wwwszgovcn/cn/zsyz/tzzc/201009/P020120911642667955591pdf （二）研究助理岗位要求： 1 微生物学、噬菌体、生物信息等相关专业硕士学历。 2 良好的学术道德、团队合作意识，对研究工作积极热情。 3协助PI组织处理科研相关的事务性工作。岗位待遇： 1 提供具有竞争力的薪资待遇（面议）。 2 午餐补贴，五险一金，年底奖金，带薪年假10天起。申请方式：有意申请者请将申请材料（个人简历、代表性论文）发送至yingfeima(AT) siataccn（邮件中请简要介绍研究经历，对于未来研究方向的设想等）。单位地址：深圳市南山区西丽深圳大学城学苑大道1068号(518055)。

研究合成科研 实验室 深圳市

系统管理员 2025-04-24 17:11:25

BLOG

今年，中国南方一个成立不足4年的年轻科研团队，十分罕见地吸引了来自美国工程院院士杰·基斯林的注意——后者因改造酵母生产青蒿素而闻名于世，被看作当代合成生物学的领军人物。很快，杰·基斯林就和这支团队开始了实质性合作，成立联合实验室，并列出一长串研究项目清单。这是他落地中国的第一个实验室，而且有言在先：“做出成果的知识产权归中国。” ——这被视为这支研究团队在产出数篇《科学》论文成果之外所获得的另一种“国际认可”。这支团队就是中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学工程研究中心。从学科来看，团队中有12位课题组组长（PI），其中有研究微生物学的，有研究合成基因组学的，也有研究理论物理方向的，甚至有专攻微流控芯片的。听起来有点像“杂牌军”，但他们却不“各自为战”，而将“近乎一半的精力”拿来攻关一个共同难题——合成生物，他们彼此最为看重的，也是那个共同的身份——合成生物学家。这也是杰·基斯林“加盟”的一个主要原因：即便是在国际上，像他们这样灵活的机制和兵强马壮的团队配备也是少见的。在如今的大数据、大科学时代，协同创新、团队合作成为越来越多科学家的选择，培育新兴交叉学科生长点，也被提到一个很高的位置。但知易行难。谁能率先告别“单打独斗”的科研模式，真正打破科学家之间的“藩篱”和“围墙”，避免科研合作沦为“貌合神离”，成为这个时代的发问。而中国科学院深圳先进院这支平均年龄仅有36岁的科研团队，正在自己的团队磨合和科研实践中尝试回答这样的问题。推倒科学家心中的那堵“墙”：让他们“没有顾虑地合作” 在传统的团队合作和科研攻关模式里，讲究“第一发现者”的科学家群体，为了自己的灵感或方法不被窃取，往往难以放下同合作者之间的提防、戒备心理，换言之，有时尽管同处一条船上，但也难免“同床异梦”。对中国科学院深圳先进院合成生物团队来说，这样的问题无法回避。他们的做法是：“不去试探人性。” 团队负责人、中国科学院深圳先进院合成生物学工程研究中心主任刘陈立在接受中国青年报·中青在线记者采访时称，12个课题组负责人的研究方向都不一样，观察同一个问题，大家的角度也不一样——这就在很大程度上规避了“人性”的风险，合作、互补大于竞争。事实上，4年前团队成立之初，这样的问题就已经被“重点考虑”，他们的“招聘”也因此成了“onebyone”（一个接一个）的形式。刘陈立说，以合成生物这个大目标为导向，差异化招聘，拥有不同专长的科研人员，“看起来就像一个拼图”—— 2014年，刘陈立从哈佛大学博士后的岗位上辞职回国，成了团队中的第一块“拼图”。他本人偏向实验研究，于是找到加州大学圣迭戈分校的博士后马迎飞，请他掌控“生物信息学方向”，后来发现急需“数学支撑”，又请耶鲁大学博士后傅雄飞加入……截至今年，团队一共迎来了12位课题组组长。进入这个团队所在的楼层，可以看到一个打通的大实验室，这就是合成生物中心的公共实验室。刘陈立告诉记者，这是一种象征，就是希望打破学科壁垒，推倒实验室与实验室之间的“围墙”，还有科学家心中的那堵“墙”，让大家“没有顾虑地去合作”。当然，对这个团队来说，还有一道特殊的难题——交叉。熟悉交叉学科的人可能听过这样一种说法，从事这方面研究的专家，既要在各自专业领域有较高的学术水平，又要对交叉领域问题有较深入研究。那么问题来了：在某个专业领域造诣颇高的专家，一般很难抽身来顾及其他领域的课题，有的甚至“看不上”其他问题。这个团队的做法是：不求最好，但求最为合适。刘陈立告诉记者，两个颇具潜力的青年科学家，分别来看可能只有80分，但一旦形成团队，在一起磨合碰撞，或能创造出超过90分的成果。在科学领域，有时精进“1分”就有可能诞生一个很大的突破。在这个团队里，“青年千人计划”入选者傅雄飞的数理背景看似边缘，在刘陈立眼中却为合成生物学领域带来了新的角度。傅雄飞本人称很享受合成生物学所带来的魅力，他说，“物理问题比较聚敛，但来到合成生物学以后，感觉完全进入了一个新的世界——好像什么知识都可以应用到，没有科学语言的障碍，没有人是‘门外汉’。挑战生命科学最基本命题：向“上帝造人”偷师合成生物学是基于生命科学、工程学、信息科学和其他定量基础科学的新兴交叉学科，被认为是继“DNA双螺旋发现”和“人类基因组测序计划”之后的第三次生物技术革命。以曾与诺贝尔奖获得者屠呦呦一道为世人所熟知的青蒿素为例，后者最初是从植物黄花蒿提取而来，但是植物提取存在占用耕地、依赖环境气候、提取过程繁琐等问题。21世纪初，杰·基斯林将青蒿素的基因引入人造酵母——也就是说，只要给酵母喂点淀粉，再用发酵罐均匀一摇，人工改造的酵母就能像“酿酒”一样生产出大量的青蒿素。这个意义不可小觑——解决青蒿素的生产原料问题，从某种意义上就是解决了治疗疟疾药物的生产问题。有统计显示，杰·基斯林的这种方法使用可控的100立方米工业发酵罐，足以替代5万亩的传统农业种植。事实上，合成生物学还被寄于更高的期望值。这个学科是通过“自下而上”的理念，由“元件”到“模块”再到“系统”，以工程化理念设计自然界不存在的人工生物系统，或对已有自然生物系统进行改造、重建，来满足生物医药工程工业化生产的需求。其最终目的，是创造生命。说白了，他们要做的，不只是利用合成生物学技术改造传统医药，“造来用”，也试着努力深耕人造生命的基础法则，“造来懂”。这就涉及生命科学研究领域一个基本性问题，即生物学到底有没有规律可循？有种说法称，21世纪的生物学，还在向20世纪物理领域“开普勒”的阶段努力，即希望从大量的实验数据、实验现象中得到一个“公式”，供人们描述并反复使用。这当然不容易。刘陈立打了一个比方，“这就像是在向上帝‘偷师’”——“细胞是最简单的生命，我们现在做的就是研究细胞周期是怎么定义的，如何自我分裂、代谢、繁殖。如果我们自己创造生命，如何保证染色体、遗传物质能从一到二，在合适的时间复制、分裂。集团军下令：海陆空各兵种搬上“十八般武艺” 事实上，近些年，国内外科学家研究获得了大量新的合成生物学“元件”，并组装出具有相应功能的基因回路。但要实现“合成生命”这一远大目标，仅有“元件”是不够的，同时要求科研人员对生命活动的调控机理有着透彻的理解。如今，年龄相仿又有冲劲儿，来自哈佛大学、耶鲁大学、杜克大学等名校的12位青年科学家就这样被集结起来，“全职”就位。合成生物学工程研究中心研究员、新晋国家“杰青”戴俊彪说，包括他在内的这支团队则不同，他们每个人都可以独当一面，成为团队中的一个“模块”，完成“设计——合成——测试——学习”的闭环——这是他们的优势。傅雄飞在描述团队合作时打过一个比方：团队里任一成员抛出一个生物学问题，然后整个团队以问题为导向，利用大家的专长和不同的眼光对问题进行剖析——相当于海陆空各个兵种都有的集团军，集体去尽力解决同一个问题。化学生物学背景的李楠从事蛋白质组学研究，他还记得有一次，团队里一个实验小组要给培养的细菌拍照片追踪运动过程，但是细菌在培养基上跑来跑去的，小组成员每过一会儿就要跑过去拍一张照片。 ——不断重复的实验、海量的分析数据非常浪费人力和时间，这被称为生物学研究中“不必要的必需”，也让生物学实验室被戏称为“劳动密集型工作”。专攻物理的傅雄飞和做工程的黄术强走过去一看，一拍即合：“这不用人力做，太慢了！”随后承诺给这个实验小组做一个多物体定时追踪的机器。李楠说，在实验室里随便走一圈，就能知道“不是你同行”的同事在做什么，他们能做什么，大家碰撞出了不少火花。在李楠看来，这种科研攻关模式，节省的不仅是资源，最重要的是，更加便于人们思想的交流与碰撞。而不管是在传统科学领域，还是新兴科学领域，科学家——这群地球上最聪明大脑的头脑风暴，是最弥足珍贵的。

团队合成 生物学 问题研究

系统管理员 2025-04-24 17:07:18

Patents

马迎飞、谭新、刘自强，KL2型鲍曼不动杆菌噬菌体及其筛选方法、噬菌体组合物及应用与药物，2024109152056 马迎飞、谭新、赵敏，一种沙门氏菌工程穿膜噬菌体及其构建方法与应用，2023107447104 马迎飞、黄志鹏、翁奥婷，弧菌噬菌体组合物及其制备方法和应用，2022108865841 马迎飞、黄志鹏、翁奥婷，一种益生菌和噬菌体的组合物及其应用，2022108852502 马迎飞、袁盛建，高通量简化噬菌体基因组骨架的方法，2022102123833 马迎飞、谭新，噬菌体制剂的制备方法、药物组合物以及应用，2021106052669

噬菌体 方法谭新组合应用

系统管理员 2025-04-24 16:55:15

Papers

*co-first author, #co-corresponding author, Ma Lab member

#co-corresponding author Ma co-first Lab

系统管理员 2025-04-24 16:30:24

Papers

Xiaoxian Kuang*, Juntao Shen*, Linggang Zheng, Yi Duan, Yingfei Ma, Elaine Lai-Han Leung, Lei Dai Applications of bacteriophages in precision engineering of the human gut microbiome Engineering Microbiology (2025)

human Linggang Zheng engineering Yi

系统管理员 2025-04-24 16:30:13

Papers

Shengjian Yuan*, Yanchen Li*, Chunhua Kou, Yichen Sun, Yingfei Ma CRISPR/Cas12a-based genome editing for cyanophage of Anabeana sp Synth Syst Biotechnol (2024) Chao Wang*, Shiwei Wang*, Shisong Jing*, Yuan Zeng, LiliYang, Yongqi Mu, Zixuan Ding, Yuqin Song, Yanmei Sun, Gang Zhang, Dawei Wei, Ming Li, Yingfei Ma, Haijian Zhou#, Linhuan Wu#, Jie Feng# Data-driven engineering of phages with tunable capsule tropism for Klebsiella pneumoniae Adv Sci (2024) Xin Tan*, Kai Chen*, Zhihuan Jiang, Ziqiang Liu, Siyun Wang, Yong Ying, Jieqiong Zhang, Shengjian Yuan, Zhipeng Huang, Ruyue Gao, Min Zhao, Aoting Weng, Yongqing Yang, Huilong Luo, Daizhou Zhang, Yingfei Ma Evaluation of the impact of repeated intravenous phage doses on mammalian host-phage interactions J Virol(2024) Si-Yun Wang, Xin Tan#, Zi-Qiang Liu, Hui Ma, Tian-Bin Liu, Yong-Qing Yang, Yong Ying, Ru-Yue Gao, Dai-Zhou Zhang, Ying-Fei Ma, Kai Chen#, Lin Lin#, Zhi-Huan Jiang#, Jia-Lin Yu# Pharmacokinetics and safety evaluation of intravenously administered Pseudomonas phage PA_LZ7 in a mouse model Microbiol Spectr (2024)

Ma Zhang Wang Yang Yingfei

系统管理员 2025-04-24 16:29:48

Papers

Min Zhao, Xin Tan#, Zi-qiang Liu, Lei Dou, Dong Liu, Yong-jun Pan, Ying-fei Ma#, Jia-lin Yu# Engineered phage with cell-penetrating peptides for intracellular bacterial infectionsmSystems (2023) Lili Yang, Guoqin Mai,Zheng Hu,Haokui Zhou,Lei Dai,Ziqing Deng,Yingfei MaGlobal transmission of broad-host-range plasmids derived from the human gut microbiomeNucleic Acids Research(2023) Weijie Liang*，Yuqiong Yang*,Shenhai Gong*, Mingyuan Wei*,Yingfei Ma*,Ruipei Feng, Jingyuan Gao,Xiaomin Liu,Fuyi Tu,Wei Ma,Xinzhu Yi,Zhenyu Liang,Fengyan Wang, Lingwei Wang,Dandan Chen,Wensheng Shu,Bruce E Miller,Ruth Tal-Singer,Gavin C Donaldson, Jadwiga A Wedzicha,Dave Singh,Tom M A Wilkinson, Christopher E Brightling, Rongchang Chen, Nanshan Zhong, Zhang Wang Airway dysbiosis accelerates lung function decline in chronic obstructive pulmonary disease Cell Host & Microbe (2023) Juntao Shen,Jieqiong Zhang,Luofei Mo,Yanchen Li,Yake Li, Cun Li, Xiaoxian Kuang, Zining Tao, Zepeng Qu, Lu Wu, Junyu Chen, Shiying Liu,Linfang Zeng,Zexi He, Zuohong Chen, Yu Deng, Tong Zhang, Bing Li, Lei Dai#,Yingfei Ma#Large-scale phage cultivation for commensal human gut bacteriaCell Host & Microbe(2023)

Liu Chen Lei Zhang Ma

系统管理员 2025-04-24 16:28:18

Papers

Ran Li*, Yongming Wang*, Han Hu, Yan Tan, Yingfei MaMetagenomic analysis reveals unexplored diversity of archaeal virome in the human gutNat Commun(2022) Peifen Chen*, Ziqiang Liu*, Xin Tan*, Haijiang Wang, Yiyang Liang, Yingjun Kong, Wenxue Sun, Liqin Sun, Yingfei Ma#, Hongzhou Lu# Bacteriophage therapy for empyema caused by carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa Bioscience Trends (2022) Shengjian Yuan,Juan Shi,Jianrong Jiang,Yingfei MaGenome-scale top-down reduction of phages to generate viable minimal phage genomes Nucleic Acids Research (2022) Shun Guo,Haoran Zhang,Yunmeng Chu,Qingshan Jiang#,Yingfei Ma# A neural network-based framework to understand the Type 2 Diabetes (T2D)-related alteration of the human gut microbiome iMeta (2022) Yunmeng Chu*, Shun Guo*, Dachao Cui,Xiongfei Fu, Yingfei MaDeephageTP: A Convolutional Neural NetworkFramework for Identifying Phage-specific Proteins from metagenomic sequencing data PeerJ (2022)

Yingfei Ma Tan Wang human

系统管理员 2025-04-24 16:27:39

Papers

Xin Tan*, Huaisheng Chen*, Min Zhang, Ying Zhao, Yichun Jiang, Xueyan Liu, Wei Huang#, Yingfei Ma# Clinical experience of personalized phage therapy against carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii lung infection in a patient with chronic obstructive pulmonary disease Front Cell Infect Microbiol (2021)

disease Min pulmonary Zhang Ying

系统管理员 2025-04-24 16:25:15